清華大學(xué)深圳國際研究生院是在清華大學(xué)深圳研究生院和清華-伯克利深圳學(xué)院的基礎(chǔ)上拓展建立的。2001年創(chuàng)建的深圳研究生院在探索高等教育改革、服務(wù)地方經(jīng)濟(jì)與社會(huì)發(fā)展方面做出了許多積極的貢獻(xiàn)；2014年設(shè)立的清華-伯克利深圳學(xué)院在高水平深度國際合作辦學(xué)方面探索了有益的經(jīng)驗(yàn)，為國際研究生院的創(chuàng)建和發(fā)展奠定了有力的基礎(chǔ)。
在新的歷史時(shí)期，國家部署推進(jìn)粵港澳大灣區(qū)建設(shè)，推動(dòng)形成全面開放新格局。大灣區(qū)要“打造教育和人才高地”，“建設(shè)國際教育示范區(qū)，引進(jìn)世界知名大學(xué)和特色學(xué)院，推進(jìn)世界一流大學(xué)和一流學(xué)科建設(shè)”。深圳確立了建設(shè)創(chuàng)新引領(lǐng)型全球城市、大灣區(qū)國際科技創(chuàng)新中心、全球新興科技與產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新發(fā)展高地和策源地，并加快發(fā)展戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)的發(fā)展目標(biāo)。為服務(wù)國家需求、助力區(qū)域發(fā)展，2016年11月4日，清華大學(xué)與深圳市人民政府簽署協(xié)議，共建清華大學(xué)深圳國際研究生院。2018年11月6日，教育部批復(fù)成立清華大學(xué)深圳國際研究生院，并賦予國際研究生院充分利用深圳的區(qū)位優(yōu)勢(shì)和科技創(chuàng)新理念，不斷提高人才培養(yǎng)質(zhì)量和科學(xué)研究水平，為深化高等教育改革、服務(wù)國家和地區(qū)經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展做出更大貢獻(xiàn)的使命。2018年12月1日，市校簽署全面戰(zhàn)略合作框架協(xié)議，開啟新篇章。2019年3月29日，清華大學(xué)深圳國際研究生院正式揭牌。